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Der Hauptcharakter Emiya Shirou verliert seine Eltern schon früh und wird vom Zauberer Emiya Kiritsugu adoptiert, der jedoch auch verstirbt. Er lebt nun alleine im Anwesen seines Stiefvaters in einem Ort namens Fuyuki, wo er die örtliche Oberschule besucht.

Fuyuki ist Schauplatz des Krieges um den Heiligen Gral, in dem Zauberer als Master (dt.: Meister) mit ihrem Servant (dt.: Diener) gegeneinander antreten. Der letzte Zauberer, der noch einen Servant hat, gewinnt den Kampf und bekommt die Macht des Grals, die ihm jeden Wunsch erfüllen kann. Shirou wird durch einen Zufall in den Krieg hineingezogen als er auf die Meisterin Tousaka Rin trifft, die mit ihrem Servant Archer (dt.: Bogenschütze) gegen den Servant Lancer kämpft. Lancer sieht es als seine Aufgabe an, Shirou zu töten, da nichts über den Krieg nach außen dringen darf. Als Shirou in die Ecke gedrängt wird, aktiviert sich ein magischer Kreis, der seine Dienerin Saber heraufbeschwört, die von nun an an seiner Seite kämpft und ihn zu einem Meister macht.