In einem Ninjadorf hat vor Jahren ein unglaublich starkes Monster gewütet, die Ninjas konnten es nicht stoppen. erst dem Hokage (stärkster Ninja des Dorfes und Oberhaupt der Ninja) gelang es. Er bannte das "neunschwänzige Fuchsungeheuer" in einen neugeborenen Jungen, starb aber dabei. Dieser Junge ist Naruto, er wächst wie ein ganz normaler Junge auf. Seine Eltern starben wie viele andere auch damals im kampf mit dem Ungeheuer. Wie alle anderen Kinder im Dorf möchte er gerne Ninja werden und geht zur Ninjaschule. Weil ihn niemand beachtet spielt er oft üble Streiche und ist der schlechteste Ninjaschüler bis er nachdem er die Schule nicht schafft eine geheime schriftrolle klaut. Danach erfährt er, dass das lägendäre Ungeheuer in ihm lebt. Sein Lehrer rettet ihm das Leben, woraufhin er sich entschließt ernsthaft zu trainieren um eines Tages selbst Hokage zu werden....
So beginnt die Geschichte und schon bald wird aus dem ninjadasein bitterer Ernst und Kämpfe auf Leben und Tod warten auf Naruto aber er findet neue Freunde, vor allem seine Teamgefährten Sakura und Sasuke und natürlich seinen Meister Kakashi.